哈士奇配种最重要的是选择好配种时机。一是母犬愿意接受交配的时候，二是公犬的身体状况和性欲调整到最高水平的时候。如果母犬发情正常，从滴血开始后9-12天内都是可配时间。青年犬时间短些，成年犬时间长些。
有些公犬血统高贵，后代优秀，因此配种任务繁重，常常会有力不从心的时候。因此，更要注意保证一是公犬有性欲，能配种;二是公犬排出的精子生命力强，不会导致空怀。
其解决方案，一般是加强营养和运动，在配种前后少与发情母犬接触，使公犬能在良好的环境中得到充分休息。营养保证这一方面，强调使用种公犬专用高档饲料，或增补一些熟鸡蛋。
有的哈士奇体形小，配种有时需要人工帮忙。主要是固定母犬，然后协助公犬爬跨母犬，帮助阴茎对准阴门。
正常的交配为：公犬见到发情母犬时出现性兴奋，变得非常激动，与母犬亲昵不已。之后跨到母犬背上，2只前腿抱住母犬的腰部，阴茎对准 阴门，后脚用力往上往前蹬，臀部用力压缩，阴茎迅速插入，后躯前后来回快速抽动，待锁住后，公犬从母犬背上跨过一条腿而旋转身体180度， 由阴户锁住阴茎突起而连接，呈现对尾姿势。此状态持续10-30分钟(有的长达45-60分钟)，之后阴茎突起中血液回流变小，阴茎从阴道中抽出，逐渐缩回到包皮内，交配结束。
为了提高受孕率，一般要保证有2次交配，间隔时间以48-72小时为宜。
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