大部分哈士奇的鸳鸯眼都是基因问题引起的，鸳鸯眼的哈士奇一般是由于近亲交配造成的。一般母狗是双褐眼的和公狗双蓝眼的配就会很容易出鸳鸯眼。关于眼睛的颜色，会不会影响狗狗的纯度，其实是不影响的，在最权威的犬业协会之一的美国AKC也没有限制说鸳鸯眼的哈士奇不能参加比赛，不管是蓝眼还是鸳鸯眼，哪怕是杂色眼都没关系，都可以参加比赛。这种一只狗可能有一只眼是棕色或浅褐色的，而另一只却是蓝色的，这种现象被称作"bi-eyed";或者一只眼是蓝色的而另一只眼的虹膜是杂色的，即虹膜异色症，被饲养哈士奇的爱好者称为"parti-eyed"。虹膜异色症的出现，可以分成先天和后天两方面。
1.先天方面，主要是两眼虹膜颜色不同的情况，有可能跟遗传有关。由于眼睛虹膜的颜色受遗传影响，假若后代的父母其中一位有蓝眼睛，而另一位则有灰色眼睛的话，那两位的后代有可能有一对蓝色的眼睛、或一对灰色的眼睛，但亦有可能一边眼的虹膜是蓝色，而另一边却是灰色的。
2.后天的情况有可能是因为患上Horner Syndrome或虹膜毛样体炎，使虹膜造成损伤而萎缩。也有可能是虹膜色素缺失引起，或与基因有关。
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